Igra prati Alexa Mercera, prvog coveka koji je programiran da postane supervojnik (univerzalni vojnik). Ucestvovao je u brojnim tajnim akcijama SAD-a, medjutim experiment je posao po zlu, u sred operacije kojom bi se Alexu poboljsale sposobnosti, on se probudio i pobegao. Van tj na Manhatnu (koje kasnije postaje opasno mesto zbog sukoba mutanata i vojske) ce ga sacekati velika placena vojska. Alex je najsposobniji mutant, ali je zadrzao svoju ljudsku stranu (um i telo).Alex tokom igre jede ljude i cudovista i tako postaje sve veci mutant ali je i dalje razumno bice
Prototype avantura koja ima specificnosti arkade. Igra obiluje misijama i zadacima. Sve se desava u NY tacnije na Manhatnu. Mapa je veoma realno uradjena.Tokom igre sticete expiriance poene kojim cete nadogradjivati borbene i akrobatske sposobnosti.
Minimalna konfiguracija:
AMD Athlon 64 X2 3800+ ili Intel Core 2 Duo 1.86 GHz 1GB XP/1.5GB Vista nVidia GeForce 7800 ili ATI Radeon X1800